85% 정도가 태양 노출부위인 머리와 얼굴에 발생하는 것으로 보아 오랜 기간 동안의 자외선 노출이 기저세포암의 발생에 관련하는 주요인입니다. 햇빛에 안타는 하얀 피부, 금발, 소아기에 주근깨가 있던 사람, 피부암의 가족력이 있는 사람은 자외선이 환경요소로 작용하여 기저세포암이  발생할 위험이 높습니다.

기저세포암은 자외선 뿐 아니라 화상이나 외상의 흉터, 방사선 조사로 손상 받은 부위에서도 발생할 수 있습니다. 만성 궤양 및 반흔(흉터) 등에서도 기저세포암이 관찰되는 수는 있으나 편평상피세포암보다는 훨씬 빈도가 낮습니다. 재래식 환약에 포함된 비소 섭취에 의한 암은 주로 편평상피세포암이지만 간혹 표재성 기저세포암의 형태로 발생할 수 있습니다.

그 외 에이즈 환자, 장기이식 후 면역 억제제 투여 중인 환자에서도 발생하며 색소성 건피증이라는 특수한 병이 있는 경우, 선천적으로 피부가 매우 약해 기저세포암이 발생하기 쉽기 때문에 주의가 필요합니다.