뇌하수체 선종을 경접형동 접근법으로 수술을 시행한 경우에는 수술 후 비출혈과 뇌척수액이  수술한 부위에서 새어나오는 수액성 비루가 생길수도 있으며, 그 빈도는 1% 정도를 차지한다고 보고되고 있습니다. 경두개 접근법으로 수술을 시행한 경우에는 기타 질환으로 인한 개두 수술법의 합병증과 동일합니다. 그리고 방사선조사의 합병증으로는 남겨진 정상적 뇌하수체의 기능저하가 있으며, 완치를 위해 방사선 조사량을 늘리면 뇌하수체기능저하가 초래될 확률은 높아집니다.

치료에 의한 필수 불가결한 호르몬에 대해서는 결핍 정도에 따라 보충요법이 필요하게 됩니다. 부신피질호르몬과 갑상선호르몬은 먹는 약을 통해 보충하며, 항이뇨호르몬의 경우는 먹는 약과 더불어 코에 뿌리는 약을 사용할 수 있습니다. 성장호르몬과 성선자극호르몬의 경우는 상황에 따라 보충하도록 합니다.