시상하부 원인설과 뇌하수체 원인설이 있습니다. 전자는 시상하부의 기능 이상으로 지속적인 호르몬의 이상 분비로 인해 뇌하수체에 종양이 발생한다는 설이고, 후자는 시상하부와는 관계없이 뇌하수체 세포가 종양세포로 전환된다는 설입니다. 뇌하수체 선종이 분자생물학적으로 단일 세포에서 유래된 사실과 종양을 절제하기만 하면 완치된다는 등의 이유로 종양세포 전환설이 더 인정받고 있습니다.

뇌하수체 선종의 정확한 원인은 밝혀지지 않았습니다.