기저세포암은 치료 후 5년간 또는 그 이상 추적 관찰되어야 합니다. 보통 기저세포암을 치료한 환자의 36~50%가 5년 내 재발했다는 연구 결과가 있습니다.

재발의 위험군을 살펴보면 얼굴의 중앙, 눈 주위, 귀 바퀴에 발생한 경우 그 크기가 6mm 이상일 때, 뺨이나 이마, 목과 머리에 생긴 경우 10mm 이상일 때 그리고 몸체와 사지에 발생한 경우 20mm 이상일 때입니다. 그 외 종양의 경계가 불분명한 경우, 종양이 빨리 자라는 경우, 재발한 종양일 때, 그리고 수술에서 종양을 완전히 제거하지 못한 경우, 조직학적으로 경화성 기저세포암인 경우와 소결정성 그리고 기저편평세포암일 경우 재발률이 높습니다.

기저세포암의 전이는 0.01~0.1%로 매우 드문 것으로 보고되고 있습니다. 림프행성 및 혈행성 전파로 림프선 , 폐, 뼈로 전이되고 이어서 간 등 다른 장기와 피부, 피하지방층으로도 전이될 수 있습니다.

적절한 치료를 한 경우 대부분 기저세포암 환자의 예후는 좋은 반면, 드문 전이성 질환의 경우 예후는 좋지 않아서 평균 생존기간을 8~10개월 정도로 보고되고 있습니다.